巧克力囊肿的严重程度取决于其大小、症状和是否出现并发症。一般来说，巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现，是较为常见的妇科疾病。

如果巧克力囊肿较小，且没有明显症状，那么通常并不严重，一般不需要特殊治疗，只需注意定期检查观察即可。如果囊肿较大且出现症状，比如痛经、排便痛、排尿痛等，甚至可能影响生育功能，这时病情相对严重一些。如果巧克力囊肿继续增大并且没有得到及时治疗，可能会破裂导致急腹症等严重后果。此时需要及时就医，必要时采取手术治疗。

因此，如果发现巧克力囊肿应及时就医咨询专业医生意见，并在医生的指导下采取合适的治疗措施。同时注意保持良好的生活习惯和饮食习惯，避免病情加重。